يتولى هذا القسم تدقيق مستندات القبض والصرف المتعلقة بإيرادات ونفقات الهيئة والرقابة على تنفيذ القوانين والأنظمة والتعليمات والإجراءات وأساليب العمل وتقديم المقترحات المتعلقة بتطويرها ومتابعة تقارير ديوان الرقابة المالية ورفع التوصيات الى رئيس الهيئة في شأن نتائج التدقيق والمراقبة.